A pendrive-ok általában nem bootolhatóak alapesetben, azonban különböző programokkal megoldható a kívánt feladat. Ennek hála az USB-kulcsunkon hordozhatunk egy kész operációs rendszert, amelyet betöltve például kijavíthatjuk egy sérült Windows hibáit.
Azonban ma már a Windows és nem Windows jellegű OS-ek esetében is népszerű a pendrive-ról való telepítés, ehhez pedig a BIOS-ban az elsődleges booteszköz a flash meghajtó kell legyen. A MakeItBoot egy olyan ingyenes program, amely ezzel a funkcióval egyetlen kattintással felruházza a pendrive-unkat, amire azután másolhatjuk is például az egyik linux-disztribúció szükséges fájljait.
