Ugyan a Steam Deck a Linux-alapú operációs rendszere, és a Proton nevű kompatibilitási szoftver segítségével számos lenyűgöző AAA játékot képes futtatni, vannak népszerű címek, amik eddig kimaradtak a Valve hordozható gamer gépének repertoárjából. Említésre méltó például a csalás elleni rendszerei miatt távol maradó Destiny 2 és Fortnite, de aki elsősorban ezekkel szeretne Steam Decken játszani, annak jó hír, hogy a legfőbb akadály elhárult, ugyanis már lehet Windowst telepíteni a kompakt masinákra.
Eddig az állt a Microsoft operációs rendszerének az útjába, hogy több, a Valve PC-ihez egyedileg készült alkatrészhez nem állt még rendelkezésre megfelelő driver, amik közül a legfontosabbakkal elkészült a cég. Ebbe beletartozik például a videokártya, a Wi-Fi modul, illetve a Bluetooth-csatlakozásért felelős komponens illesztőprogramja, de például a 3,5 mm-es jackcsatlakozó használatához még nincs kész a driver, így hangot egyelőre csak az USB-C porton, vagy Bluetoothon keresztül kaphatnak a windowsos Steam Deck felhasználók.
További korlátozás számukra, hogy egyelőre csak Windows 10-et tudnak telepíteni, ugyanis a Windows 11 futtatásához szükség lesz egy új BIOS-ra, amivel még szintén nem készültek el a Valve-nél. Igaz, az elterjedtsége miatt valószínűleg jól tették, hogy az egyelőre népszerűbb Windows 10-re koncentráltak. Továbbá pillanatnyilag a dual bootolás lehetősége sem megoldott (igaz, ez is fejlesztés alatt áll), ezért most még annak, aki Windowsra szeretne váltani a Steam Decken, ideiglenesen el kell búcsúznia a SteamOS-től. Ez pedig egyáltalán nem elhanyagolható áldozat, a Valve által eszközölt optimalizáció, ami a játékok teljesítménye mellett minden bizonnyal érinti az akkumulátor élettartamát is befolyásolja, alapvetően kapcsolódik az operációs rendszerükhöz.
